「生物科技」是一門將「生命科學」實用化的應用科學，其應用範圍涵蓋醫藥，食品，農業，民生保健與環保等，不僅可促進醫療保健技術的進步，提升人類健康，對人類未來的生活、健康和環境品質有深遠的影響。基此，本系乃規劃以生物科技為基礎，培育醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業等的優質基礎及專業生技人才。
大學部教育目標：
(1)培育醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業所需之產品行銷、產品製造、功能性評估及品管等相關人才
(2)培養兼具理性思辨與生技創新實踐力之人才
(3)培養兼具通識素養及專業能力與職場倫理之跨領域人才，將生物技術廣泛應用於各種產業
碩士班教育目標：
(1)培育醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業所需之產品行銷、產品研發、製程開發、功能性評估之中高階專業人才
(2)培養兼具理性思辨與生技創新實踐力，將生物技術廣泛應用於各種產業之跨領域人才
(3)培養具有全球化思維能力及撰寫執行研究計畫能力之人才
針對本系近年學生來源的差異，本系訂定短、中、長期系所教學目標及重點如下：
(一)短程：強化基本能力，培養生技專業能力
本系課程以學生之需求出發而設計，內容兼顧基礎性、啟發性及應用性，以實習與理論並重。給予學生紮實之生物化學、分子生物學、及微生物學之訓練，並加強實驗技術，進而引領學生應用到醫藥，食品，農業，民生保健與環保領域，培育優秀之生物科技跨域多元人才。課程設計上，一方面必須加強學生的基本英文、數理邏輯能力；另一方面更必須針對未來生物科技發展中最具前瞻性的新興領域，適時調整課程名稱及授課內容。
(二)中程：整合課程，培養跨域人才
學生一進入本系，即利用UCAN系統，讓導師依學生興趣及資質，輔導學生選讀本系專業選修課程，並作跨系跨院學習整合，讓學生養成跨領域多元能力。另外本系協助開辦多種「深碗課程」、「微型課程」、「專題實作」，讓「食藥粧安」、「創新加值」、「循環經濟」、「智慧健康」等議題，融入課堂實作及專題製作中，優化學習成效，全面提升實作能力，強化學生就業競爭力。
(三)長程：強化產業鏈結，將教學與社會需求結合
本系持續利用科學工業園區人才培育計畫補助及就業學程計畫，與業界師資共同規劃課程、編寫教材，推動落實校外實習，加強與產業的密切合作，讓產業成為優質人才培育之共同教育者。
本系所的發展特色在於落實「理論與實務兼備、授課與實習並重」，以培育兼具實作力、就業力及競爭力之「生技產業實務技術人才」的系所目標之一，各學制的系所發展特色分述如
(1)四技
本系所配合政府推動之生技醫藥產業發展，在教學及研究上盡可能涵蓋所有相關技術領域，包括微生物培養及檢驗、動物細胞培養、植物組織培養、DNA及蛋白質的技術，並聘請專業的產業界師，共同擔任生技藥物、應用微生物、應用菌菇栽種、分子檢測、生技法規及專利等相關課程實務教學；每年必安排學生參訪相關生技產業，並安排學生至相關生技產業界實習。
本系課程的設計考量學生的能力及興趣，以培養初階產業人才、中階產業人才及產業服務人員為目標。因此在大一到大二開設許多基礎課程，如化學、微生物、生化、生技概論、生技產業、生物倫理等基本常識，並配合實驗操作，以本系的畢業門檻作為初階人員的指標。對於學習能力或對研發工作較有興趣的同學，則輔導其考取研究所，使其有機會成為中階產業人才。此外，對於希望從事生技領域服務業的同學，則開設許多其他領域相關的課程，包括醫藥，食品，農業，民生保健與環保等等相關的生技產業應用課程，供學生選修，並著重其英文閱讀及表達能力。
(2)碩士班
本系研究所教育以「培育生技產業中階研究開發人才」為目標。研究生除了專業生技領域知識及技能之學習外，亦必須修讀兩門全英文課程(論文寫作與科學英文簡報)，以加強研究生的英文聽、說、讀、寫的能力，此外，定期舉辦各種研討會及邀請業界教師演講，擴大學生的視野。
(3)雙軌學制-農業生物技術專班(105學年度已停招)
103學年開始招生的雙軌旗艦計畫-農業生物技術專班，是本系落實技職體系產學合作最重要的特色，學生每週3-4天實習，1-2天到校上課。實習單位包括: 惠合再生醫學生技股份有限公司、展旺生命科技股份有限公司南科分公司、麗園農牧科技股份有限公司、清華蘭園有限公司、健康奇跡農產運銷有限公司、港香蘭藥廠股份有限公司、勝騰食品股份有限公司等。
本系的發展方向乃依據政府「五+二創新產業」政策，深耕健康關懷，並配合國家生物科技發展策略，培育生技相關產業人才，系所發展目標規劃如下:
(1)以「均衡學生人文與科技教育」為本，提昇學生的競爭能力、人文素養、品格操守及身心健康。
(2)積極主動與產業界合作，落實「理論與實務兼備、授課與實習並重」，以培育兼具實作力、就業力及競爭力之「生技產業實務技術人才」。
(3)配合政府生技發展政策與世界潮流趨勢，整合系所資源，積極參與台灣生技產業研究發展。
(4)積極推動學術交流及教育國際化，以培育醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業等的優質基礎及專業生技人才。
本系隸屬藥理學院，以「發酵工程」、「天然物活性及質譜分析」、「植物組織培養」、「環境用藥檢測」等四大基礎核心技術，造就本系「將生物科技整合應用於醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業」之特色，並成立以下重要教學研究中心和核心實驗室：
- 「生技發酵試量產中心」：為建置一組發酵試量產實驗室及其配合的後續回收純化及產品開發之實作場域，這個基地主要包括100L發酵槽，及5L 發酵槽組，以進行微生物之發酵培養及生物反應操作。可執行的實務操作程序包含真菌之發酵深層培養及活性成分之萃取純化、及重組菌的發酵實作程序及重組蛋白的回收純化製程、及相關生物轉化之具活性特用化學品的產品開發等；二為透過所建置的基地，引進產學合作的案例，並以案例逐步建構發酵技術之中下游實作課程，以進行聯結生技藥妝保健食品領域產業之深化實作技術能力人才培育。
- 「環境用藥藥效檢測中心」：受理環境用藥的開發與檢驗服務。中心設置環境用藥藥效檢測實驗室，提供廠商「環境用藥藥效檢測」服務。另設置養蟲室，飼養白線斑蚊、埃及斑蚊、熱帶家蚊、家蠅、美洲蟑螂及德國蟑螂等供試昆蟲。中心提供之環境用藥藥效檢測方法包括：1.環境衛生用藥蚊香藥效檢測方法－玻璃筒法 (NIEA D920.00C)；2.環境衛生用藥噴霧劑藥效檢測方法－玻璃筒法 (NIEA D923.00C)。
- 「植物組培環控核心實驗室」：由於組織培養環控室內無法接受到外界的自然光，所以植物生長所需光源全部由人工光源給予。本實驗室使用不同光及強度的螢光燈管為光源，安裝於栽培架上方進行補光，調控不同藥用植物和觀賞植物的生長、開花及藥效成分的含量。