「生物科技」是一門將「生命科學」實用化的應用科學，其應用範圍涵蓋醫藥，食品，農業，民生保健與環保等，不僅可促進醫療保健技術的進步，提升人類健康，對人類未來的生活、健康和環境品質有深遠的影響。基此，本系乃規劃以生物科技為基礎，培育醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業等的優質基礎及專業生技人才。
大學部教育目標：
(1)培育醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業所需之產品行銷、產品製造、功能性評估及品管等相關人才
(2)培養兼具理性思辨與生技創新實踐力之人才
(3)培養兼具通識素養及專業能力與職場倫理之跨領域人才，將生物技術廣泛應用於各種產業
碩士班教育目標：
(1)培育醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業所需之產品行銷、產品研發、製程開發、功能性評估之中高階專業人才
(2)培養兼具理性思辨與生技創新實踐力，將生物技術廣泛應用於各種產業之跨領域人才
(3)培養具有全球化思維能力及撰寫執行研究計畫能力之人才
針對本系近年學生來源的差異，本系訂定短、中、長期系所教學目標及重點如下：
(一)短程：強化基本能力，培養生技專業能力
本系課程以學生之需求出發而設計，內容兼顧基礎性、啟發性及應用性，以實習與理論並重。給予學生紮實之生物化學、分子生物學、及微生物學之訓練，並加強實驗技術，進而引領學生應用到醫藥，食品，農業，民生保健與環保領域，培育優秀之生物科技跨域多元人才。課程設計上，一方面必須加強學生的基本英文、數理邏輯能力；另一方面更必須針對未來生物科技發展中最具前瞻性的新興領域，適時調整課程名稱及授課內容。
(二)中程：整合課程，培養跨域人才
學生一進入本系，即利用UCAN系統，讓導師依學生興趣及資質，輔導學生選讀本系專業選修課程，並作跨系跨院學習整合，讓學生養成跨領域多元能力。另外本系協助開辦多種「深碗課程」、「微型課程」、「專題實作」，讓「食藥粧安」、「創新加值」、「循環經濟」、「智慧健康」等議題，融入課堂實作及專題製作中，優化學習成效，全面提升實作能力，強化學生就業競爭力。
(三)長程：強化產業鏈結，將教學與社會需求結合
本系持續利用科學工業園區人才培育計畫補助及就業學程計畫，與業界師資共同規劃課程、編寫教材，推動落實校外實習，加強與產業的密切合作，讓產業成為優質人才培育之共同教育者。