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本系隸屬藥理學院，以「發酵工程」、「天然物活性及質譜分析」、「植物組織培養」、「環境用藥檢測」等四大基礎核心技術，造就本系「將生物科技整合應用於醫藥，食品，農業，民生保健與環保產業」之特色，並成立以下重要教學研究中心和核心實驗室：

1. 「生技發酵試量產中心」：為建置一組發酵試量產實驗室及其配合的後續回收純化及產品開發之實作場域，這個基地主要包括100L發酵槽，及5L 發酵槽組，以進行微生物之發酵培養及生物反應操作。可執行的實務操作程序包含真菌之發酵深層培養及活性成分之萃取純化、及重組菌的發酵實作程序及重組蛋白的回收純化製程、及相關生物轉化之具活性特用化學品的產品開發等；二為透過所建置的基地，引進產學合作的案例，並以案例逐步建構發酵技術之中下游實作課程，以進行聯結生技藥妝保健食品領域產業之深化實作技術能力人才培育。
2. 「環境用藥藥效檢測中心」：受理環境用藥的開發與檢驗服務。中心設置環境用藥藥效檢測實驗室，提供廠商「環境用藥藥效檢測」服務。另設置養蟲室，飼養白線斑蚊、埃及斑蚊、熱帶家蚊、家蠅、美洲蟑螂及德國蟑螂等供試昆蟲。中心提供之環境用藥藥效檢測方法包括：1.環境衛生用藥蚊香藥效檢測方法－玻璃筒法 (NIEA D920.00C)；2.環境衛生用藥噴霧劑藥效檢測方法－玻璃筒法 (NIEA D923.00C)。
3. 「植物組培環控核心實驗室」：由於組織培養環控室內無法接受到外界的自然光，所以植物生長所需光源全部由人工光源給予。本實驗室使用不同光及強度的螢光燈管為光源，安裝於栽培架上方進行補光，調控不同藥用植物和觀賞植物的生長、開花及藥效成分的含量。